檢測原理
基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）的核酸探針技術(shù)能靈敏、特異的檢測目標(biāo)DNA序列，然而這些核酸探針，如Taqman探針、分子信標(biāo)探針等一般都需要熒光基團和淬滅基團的化學(xué)修飾，合成成本相對高昂，所用到的儀器如實時熒光定量PCR儀，較為高端，因此這些方法的普適性不強。
中國科學(xué)院成都生物研究所唐卓課題組的巴基斯坦籍博士后Afshan Yasmeen等人通過研究建立了一種新的基于串聯(lián)PCR和綠色熒光蛋白（GFP）RNA類似物以及小分子熒光基團的特異性DNA檢測方法。該檢測方法使用小分子熒光基團作為傳感器，不需要對探針進行化學(xué)修飾，靈敏度高，特異性強，且能通過靈活選擇不同RNA適配體和小分子熒光基團得到不同熒光報告信號，來實現(xiàn)單個或多個目標(biāo)DNA的檢測。
該方法原理如下：首先，在對目標(biāo)DNA進行PCR時，由于Taq DNA聚合酶具有5’-3’的外切酶活性，它能在引物的延伸過程中于探針和目標(biāo)DNA雜交的位置將探針的5’突出末端剪切，產(chǎn)生一個小DNA片段。此片段釋放出來后可作為反應(yīng)體系中另一個DNA模板 -- 報告模板的引物，進一步啟動報告模板的PCR。報告模板為編碼RNA適配體--綠色熒光蛋白（GFP）RNA類似物--的序列，在PCR結(jié)束后，報告模板的PCR產(chǎn)物可以轉(zhuǎn)錄mRNA，在相應(yīng)的熒光基團存在下可以產(chǎn)生熒光信號。該方法已成功應(yīng)用于大腸桿菌和產(chǎn)氣莢膜梭菌的檢測中。
該工作已發(fā)表在ACS Chemical Biology。
圖為論文的第一作者--巴基斯坦籍博士后Afshan Yasmeen。